Magíster del Incar desarrolla base de datos de información genómica sobre patógeno del salmón

dav

Una base de datos que unifica toda la información genómica del patógeno Piscirickettsiasalmonis disponible en la base de datos biológicas, es “Psalmonis DB” , herramienta desarrollada por el Magíster (c) en Microbiología de la línea “Salud Animal en el Ambiente Marino” (RP3), del Centro de Investigación Interdisciplinario para la Acuicultura Sustentable en Chile , Incar,  Guillermo Nourdin, en colaboración con el equipo del Dr. ViniciusMaracaja-Coutinho, director del Laboratorio de Bioinformática Integrativa de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas de la Universidad de Chile. Lo informó el  Incar.

Esta base de datos es capaz de almacenar la información relacionada a secuencias y sus respectivas anotaciones funcionales. PsalmonisDB implementa “Ucsc Genome Browser”, el cual es una aplicación de exploración genómica en donde se encuentran cargada toda la información correspondiente a P. salmonis. Además, implementa el software Blast dentro de su interfaz, permitiendo hacer un alineamiento contra toda la nueva información generada y almacenada dentro de la base de datos PsalmonisDB”, explicó Guillermo Nourdin.

La gran ventaja que posee PsalmonisDB es que almacena toda esta información en un lugar específico, correspondiente a la información genómica (genes codificantes y no codificantes) y diversas anotaciones contra bases de datos biológicas disponibles en la red. Esto se observa al momento de hacer un análisis global de genomas de este patógeno, “algo que sin herramientas como PsalmonisDB, sería una tarea extensa”, recalca Nourdin. Por otro lado, esta herramienta funcionará como repositorio de secuencias y sus propias funciones biológicas y que, por medio de Blast, alinea las secuencias a consultar solo contra secuencias de P. salmonis de interés.

Otra ventaja que posee esta herramienta es que agrupa diversa información de muchas bases de datos biológicas en un solo sitio, teniendo como objetivo tener la mayor cantidad de información en solo una consulta. “En otros casos, por cada base de datos biológica es necesario una consulta, teniendo el límite las bases de datos que quiera consultar.

Este último caso es un proceso engorroso, por lo que PsalmonisDB es una herramienta útil para la investigación en el área acuícola, señaló el joven profesional.

 

Acerca de Entramar 650 Articles
Bienvenidos! Entramar Magazine nace en mayo, el mes del mar, en la Región del Biobío, para convertirse en un sitio de información y contenidos con todas las temáticas relativas al océano, incluyendo los sectores pesquero, acuícola, marítimo portuario, naviero y logístico.